心與用藥目的無關的由藥物引起的機體反應稱為不良反應。其包括：副作用、毒性反應、後遺反應、過敏反應、致畸、致癌，致突變作用等。副作用屬藥物固有反應，正常量出現較輕微。毒性反應指藥物引起的生理化機能異常和結構的病理變化，嚴重程度隨劑量增加或療程延長而增加。抗生素的毒性反應臨床較多見，如及時停藥可緩解和恢復，但亦可造成嚴重後果。主要有以下幾方面：①神經系統毒性反應；氨基糖甙類損害第八對腦神經，引起耳鳴、眩暈、耳聾；大劑量青黴素G或半合成青黴素或引起神經肌肉阻滯，表現為呼吸抑制甚至呼吸驟停。氯黴素、環絲氨酸引起精神病反應等。②造血系統毒性反應；氯黴素可引起再障性貧血；氯黴素、氨苄青黴素、鏈黴素、新生黴素等有時可引起粒細胞缺乏症。訂大黴素、卡那黴素、先鋒黴素Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ可引起白細胞減少，頭孢菌素類偶致紅細胞或白細胞，血小板減少、嗜酸性細胞增加。③肝、腎毒性反應：妥布黴素偶可致轉氨酶升高，多數頭孢菌素類大劑量可致轉氨酶、鹼性磷酸脂酶Ⅰ和Ⅱ、多粘菌素類、氨基甙類及磺胺藥可引起腎小管損害。④胃腸道反應：口服抗生素後可引起胃部不適，如噁心、嘔吐、上腹飽脹及食慾減退等。四環素類中尤以金黴素、強力黴素、二甲四環素顯著。大環內脂類中以紅霉素類最重，麥迪黴素、螺旋黴素較輕。四環素類和利福平偶可致胃潰瘍。⑤抗生素可致菌群失調，引起維生素B族和K缺乏；也可引起二重感染，如偽膜性腸炎、急性出血腸炎、念珠菌感染等。林可黴素和氯林可黴素引起的偽膜性腸炎最多見，其次是先鋒黴素Ⅳ和Ⅴ。急性出血性腸炎主要由半合成青黴素引起，以氨苄青黴素引起的機會最多。另外，長期口服大劑量新黴素和應用卡那黴素引起腸粘膜退行性變，導致吸收不良症候群，使嬰兒腹瀉和長期體重不增，應預重視。少數人用抗生素後引起肛門瘙癢及肛周糜爛，停藥後症状可消失。抗生素的過敏反應一般分為過敏性休克、血清病型反應、藥熱、皮疹、血管神經性水腫和變態反應性心肌損害等。後遺效應是指停藥後的後遺生物效應，如鏈毒素引起的永久性耳聾。許多化療藥可引起「三致」作用。利福平的致畸率為4.3%，氯黴素、灰黃黴素和某些抗腫瘤抗生素有致突變和致癌作用等。
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