異位損害系指在偶然的情況下成蟲或蟲卵可超出其正常寄生的門靜脈系統，而在異常部位造成病變，臨床上以肺及腦部病變較為常見，其它部位的異位損害則為罕見。腦損害時可有腦炎表現或以局限性癲癇反覆發作為主，肺部損害輕者可無呼吸道症状，重者類似粟粒性肺結核或支氣管炎，咳嗽最為常見，大都乾咳少痰，胸部檢查偶可聞及乾性或濕性羅音。胸部X線片檢查大多數有明顯的肺實質病變，早期見兩側肺紋增加，繼而肺出現散在性點狀浸潤，邊緣模糊，以中下部為多。病變一般在3～6個月後逐漸消失。偶見蟲卵沉積胃幽門部或胃底部粘膜下層，可見組織增生，胃壁增厚、肉芽腫、息肉等改變，形成潰瘍時，常有嘔血及幽門梗阻等引起的臨床表現，常可誤診為潰瘍病或胃癌。此外，偶見蟲卵沉積皮膚、輸卵管、子宮頸、心包、胰腺、腎上腺、睾丸、付睾等部位，引起局部病變。
併發症多見於慢性和晚期病例，以闌尾炎較多見。血吸蟲病患者並發急性細菌性闌尾炎時易引起穿孔、闌尾炎膿腫、闌尾炎組織內蟲卵沉積，闌尾穿孔易引起瀰漫性腹膜炎併發症。血吸蟲病患者的結腸病變嚴重時可產生結腸狹窄，引起排便困難以及其它腸梗阻症状，在血吸蟲病腸道增殖性病變的基礎上發生癌變者並不少見。重流行區普查結腸癌的發病率較非流行區高。發病年齡以30～40歲最多，20～30歲者也不少。血吸蟲病合併結腸癌多為分化性腺癌和粘液腺癌。臨床表現主要是結腸梗阻、便血和腹部包塊。鋇劑灌腸X線檢查可見充盈缺損，乙狀結腸鏡檢與活組織病理檢查可確定診斷。
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