痢疾桿菌（dysentery bacilli）為腸桿菌科志賀菌屬(shigella)，革蘭陰性桿菌，無鞭毛及莢膜，不形成芽胞，有菌毛。依據抗原結構不同，分為A、B、C、D四群，即志賀痢疾桿菌（S．dysenteriae）、福氏痢疾桿菌(S．fle xneri)、鮑氏痢疾桿菌(S.boydii)及宋內痢疾桿菌(S．sonnei)，以及42個血清型（含亞型）。國外自六十年代後期逐漸以D群佔優勢，我國目前仍以B群為主(佔62.8～77.3%），D群次之，近年局部地區A群有增多趨勢。
痢疾桿菌對外界環境有一定抵抗力，其中以D群最強，B群次之，A群最弱。日光照射30分鐘、加熱至60℃10分鐘或100℃1分鐘即可殺滅。對酸及一般消毒劑均很敏感。在蔬菜、瓜果及被污染物品上可存活1～2周，但在陰暗、潮濕、冰凍條件下能生長數周，在糞便中存活時間的長短同氣溫、糞便中雜菌等有關。
各型志賀菌死亡裂解後釋放內毒素（脂多糖），近來研究證明A群Ⅰ型及部分Ⅱ型、B群2a及個別D群可產生外毒素，該外毒素是神經毒素、細胞毒素與腸毒素作用。均參與致病作用。尤其外毒素的毒力很強，可加重腸粘膜的炎性變化以及腸道外病變。
痢疾桿菌對抗藥物是產生耐藥性，近年來國內外研究表明其耐藥性日趨嚴重。耐藥性產生是與染色體基因突變和R質體（亦稱R因子）在同屬種間、異屬種間不斷相互傳遞有關。R質體為質體之一種。是染色體外遺物質，由雙股環狀DNA分子組成，能自我自複製，攜帶某些遺傳信息，若與細菌染色體整合在一起，則與染色體同步複製。R質體在細菌細胞間的傳遞，主要是通過接合、傳導、轉化三個途徑，其中接合傳遞為其重要方式。R質體使細菌產生特異酶，可使抗菌藥物失效，當微量誘導物（少量抗菌藥物）存在時即可產生大量特異酶，增加細菌耐藥性，為此，臨床應用抗生素必須足量，切忌少量或局部使用抗菌藥物，以防耐藥菌株產生。
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