中醫學派
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中醫學派(schools of TCM)，在中醫學中由於學說師承不同所形成的群體和派別。這種因學術主旨不同而形成不同的學派，是中醫歷史發展中極為突出的醫學現象。一般說來，一個學派的形成應具備三項條件：一是有一個或幾個有影響有威望的學術領頭人，也就是宗師，例如傷寒學派的宗師是張仲景、河間學派的宗師是劉河間等。二是有一部或數部反映這派觀點的傳世之作，並保持該學派的研究方法和學術風格，例如醫經學派以《內經》為主導著作，圍繞臟腑經絡、病因病機、養生、治則等展開研究。三是有一大批跟隨宗師(包括私淑)的弟子，他們本身也必須是具有一定學術水平的醫學人才，例如易水學派的開山鼻祖是張元素，其弟子有李東垣、王好古等人。
在中醫藥發展史上，學派的形成有一個過程。春秋戰國時代，百家蜂起，形成爭鳴之勢，醫學是這股文化洪流的一個重要分支，受主導文化思潮的影響，因立論的學術宗旨不同，研究的角度、方法與手段的不同，以及研究者的哲學觀念、所處的地域環境的不同而有不同的醫療方式和學術見解，形成用針、用藥和重切脈的三大派。西漢時代已匯合為醫經和經方兩大派別。其中，針灸和切脈者並為醫經一派，重視使用藥物方劑者則發展為經方派。《漢書.藝文志》明確記載，當時有醫經七家，經方十一家。東漢末年，醫學家張仲景治療外感熱病卓有療效，以六經辨證，在理論上奠定了辨證論治的基石，著成《傷寒論》一書，以後其學術絡脈承傳，成為一大學派。宋代科技發達，儒學打破了漢代經學定於一尊的局面，始有門戶之分，這成為中醫學家突破意識的前提，形成了金元時代醫學家的爭鳴局面。《四庫全書總目提要》把這種儒學和醫學的相關變遷現象稱之為「儒之門戶分於宋，醫之門戶分於金元」。在金元時代有被稱為「四子學派」的四大醫家，即劉完素(即劉河間)、李東垣、張子和、朱丹溪等人，他們各有所長，劉完素創立火熱論；李東垣師承於張元素，主補脾，著《脾胃論》；張子和立論邪之法而主攻下；朱丹溪則撰著《陽有餘陰不足論》、《相火論》而創立了滋陰學派。此四大家，又據其師傳和地域，可概括為以劉完素為代表的河間學派和以張元素、李東垣為代表的易水學派。明清一些醫家，在治療外感熱病方面有所創新，在病因上從熱立論，提出了衛氣營血辨證及三焦辨證方法，由葉天士、吳鞠通、王孟英等一批醫學家，發展成為溫熱學派。清末民初，西醫學傳入中國以後，有一批中醫學家如王宏翰、朱沛文、唐容川、張錫純等，主張中西醫學匯聚而溝通之，而衍成匯通學派。該派雖然歷時較短，但提倡取長補短，在一個時期他們辦刊興學，起到傳承中醫的作用，又成為中西醫結合的先導。
中醫學派是在實踐中不斷創新而產生的，各學派都有自己的風格和特長，明代王肯堂在《明醫雜著》中就曾說：「外感法仲景，內傷法東垣，熱病用河間，雜病用丹溪，一以貫之，斯之大全矣。」中醫的學派有明顯的繼承性，大的學派像醫經學派、傷寒學派，能夠千餘年一代一代繼承發展下去而不衰，甚至傳到國外，例如在日本流傳有傷寒學派和丹溪學派醫學。一個學派群體的發展創新能力是個人能力的高倍放大，而且通過學派間的學術爭論擴大了認識的廣度與深度。例如傷寒學派與溫病學派間的爭論，河間學派與易水學派之間的爭鳴，以及丹溪之學與宣和局方之爭論等，促使各學派的認識能力進一步放大，各學派不斷吸收他派之長，互相滲透交叉，此起彼伏，匯流成干，形成中醫學繼往開來的一條長河。
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醫經學派
致力於基礎理論方面研究的一派。《漢書.藝文志》敘述醫經家時說：「醫經者，原人血脈、經絡、骨髓、陰陽、表裡，以起百病之本，死生之分，而用並箴石湯火所施，調百藥齊和之所宜，至齊之得，猶慈石取鐵，以物相使。」漢代時曾有醫經七家，其代表著作有：《黃帝內經》、《黃帝外經》、《扁鵲內經》、《扁鵲外經》、《白氏內經》、《白氏外經》、《白氏旁經》，但僅有《黃帝內經》(簡稱《內經》)一書承傳下來。它從臟腑、經絡、病機、診法、治則、針灸、制方等方面對人體的生理活動、病理變化，以及診斷治則等進行了系統而綜合的敘述，《內經》從此成為中醫學理論的基礎。歷代均有研究《內經》、發揮《內經》的醫學家及其著作，主要有：梁代全元起著《內經訓解》；唐代楊上善著《黃帝內經太素》，王冰著《素問釋文》；宋代林億等著《素問釋文新校正》；元代滑壽著《讀素問鈔》；明代吳崑著《素問吳注》，馬蒔著《黃帝內經靈樞注證發微》與《黃帝內經素問注證發微》，李中梓著《內經知要》，張景岳著《類經》；清代張志聰著《素問集注》、《靈樞集注》，沈又彭著《醫經讀》等。
經方學派
重視運用經驗方的一派。《漢書.藝文志》說：「經方者，本草石之寒溫，量疾病之淺深，假藥味之滋，因氣感之宜，辨五苦六辛，致水火之齊，以通閉解結，反之於平。」中醫學從用單味藥物發展為組合成復方治病，在先秦時代就已經很普遍了，1972年湖南長沙馬王堆漢墓出土的醫書《五十二病方》，即是先秦時代的經方著作。前人在長期醫療實踐中，為了不斷提高療效，很重視經驗的積累和搜集，如《孔叢子》一書所載：「夫三折股而後為良醫，梁丘子遇虺毒而獲瘳，慮有與同疾者，必問所以已之方焉，眾人為此之故各言其方，欲售之以已人疾也，凡言其方者，稱其良也，且以參據所以已方之優劣也。」《漢書.藝文志》載有經方十一家，其中包括《湯液經法》、《泰始黃帝扁鵲俞拊方》、《婦人嬰兒方》、《金創瘛方》等，說明西漢時代，經方已成一大派別。經方學派在六朝和唐代成為主導學派，當時著名醫學家都有經驗方的著作。例如，六朝有陳延之的《小品方》、阮炳的《阮河南藥方》、范東陽的《范汪方》、葛洪的《肘後方》、釋僧深的《僧深藥方》等。唐代經方家三大著作有甑權的《古今錄驗方》、孫思邈的《千金要方》、王燾的《外台秘要》等。北宋的三大經方家有陳師文的《太平惠民和劑局方》、許叔微的《普濟本事方》、嚴用和的《嚴氏濟生方》等；因經驗方的盛行，北宋徽宗也曾主持編纂《聖濟總錄》二百卷，所集有效方劑約2萬首，其搜集之富是空前的。元代有危亦林撰著的《世醫得效方》。明代有朱棣撰集的《普濟方》。清代著經驗方的傳人仍不絕如縷。
傷寒學派
圍繞東漢名醫張仲景所著《傷寒論》，探討張仲景論治傷寒(古代外感發熱性疾病的總稱)的學說和辨證論治規律，以及研究張仲景本人、《傷寒論》版本流傳的一批醫學家。
自從漢末張仲景著《傷寒論》以來，歷史上對它研究的有四五百家之多。該書最早的編次者是晉代的王叔和，他尤其重視從治法研究《傷寒論》。唐代醫學家孫思邈晚年才得見張仲景的著作，他在六經分類條文的基礎上，又採取突出主方，以方類證的辦法整理《傷寒論》，以利臨床驗用。同時他認為凡療傷寒，不出麻黃湯、桂枝湯、大青龍湯這三方三法的範圍，希望以簡馭繁把握《傷寒論》的精髓。但當時張仲景的醫著、醫術流傳不廣。《傷寒論》廣泛傳播並得到深入研究始於宋代。
北宋校正醫書局校正的《傷寒論》為學者提供了定本。整理者之一的林億，率先提出《傷寒論》113方、397法之說。宋代的朱肱、韓祗和、許叔微、龐安時等，均有著述，各抒心得。例如朱肱《類證活人書》認為，《傷寒論》的六經，就是足三陽、足三陰六條經絡，這種以經絡論六經的見解最先觸及了《傷寒論》六經實質這一重要問題。在這一時期，《傷寒論》研究厥功甚偉的是金代的成無己。成氏《註解傷寒論》，首次博引《內經》諸說，以釋仲景辨證施治的道理，開引經析論、以經解經的研究法之先例。
至明末，不僅研究《傷寒論》的學者倍增，而且在傷寒學派中又分成許多流派。明代學者治《傷寒論》強調學仲景非拘執其「方」，而是致力於闡揚他的「法」，也就是辨證施治的原則。為了不走因循舊時隨方衍義的舊套路，便於闡發《傷寒論》的精華，明末的方有執推出了「錯簡」說，認為通行的《傷寒論》年代久遠，簡編錯亂，雖經王叔和編次，仍存在不少人為的錯亂，因此他提出了自己的重訂編次主張。他在《傷寒論條辨》中，削去《傷寒例》，把衛中風、寒傷營、營衛俱中傷風寒立說，並作為仲景原書要旨，其實與孫思邈的麻、桂、青龍三方三法名異而實同。清初喻嘉言附和「錯簡」說，將方有執的主張又演為「三綱鼎立」說，即「冬月傷寒」為大綱，傷寒六經中以太陽經為大綱，太陽經中又以「風傷衛、寒傷營、風寒兩傷營衛」為大綱。喻氏更重視「法」的整理，在方氏《傷寒論條辨》基礎上，訂正傷寒397法。此後張璐、吳儀洛、程應旄、章楠、周揚俊等，更從而和之，後世稱這一派學者為「錯簡重訂派」。他們對王叔和、成無己持非議態度，引起了另一些醫家的反對。例如，明末清初張遂辰及其弟子張志聰、張錫駒與錯簡派針鋒相對，認為王叔和、成無己所做的編次注釋工作均有助於仲景的《傷寒論》；該書皆仲景原文，絕非錯簡，不主張隨意取去重編；在闡釋仲景方法上張氏及弟子亦多有心得。清末陳修園基本上同意這種觀點，故現代多稱他們為「維護舊論派」。
在《傷寒論》六經的實質及如何更好地歸納《傷寒論》精義方面也有不少爭議。如宋代朱肱曾以六經為經絡，清代汪琥在《傷寒論辨證廣注》中響應：「傷寒之病，必傳經絡，仲景分六經，不出『靈樞』經脈。」因此他對六經證候從經絡角度予以增刪。屬於維護舊論派的張志聰和屬於錯簡派的黃元御，在六經的實質上看法倒是一致的，即以六氣來分析六經，以臟腑來聯繫六氣。清代的柯韻伯對朱肱的六經為經絡之源也持有異議。他認為六經是「經界之經，而非經絡之經」，且反對喻嘉言的三綱鼎立說及397法的劃分，主張按方類證，如有關桂枝湯的各條文統歸桂枝證。其後徐大椿亦仿而行之，謂仲景著書不過是隨證立方，本無一定次序可言，於是他以桂枝湯、麻黃湯等12類湯，來歸類《傷寒論》113方，從而形成以方類證派。與以方類證不同的是以法類證，代表人物是清代的錢潢和尤在涇。尤氏《傷寒貫珠集》不像其他傷寒家那樣拘泥於條文字句，而是另闢蹊徑，以正治、權變、斡旋、救逆、類病、明辨、雜治、刺法這八法來概括三陽篇，謂諸法如珠，貫通全論。此外，沈明宗、包誠等則主張分經類證。傷寒學派中的學術主張爭奇鬥豔，各派通過爭鳴，從不同角度對《傷寒論》的理論構架、六經實質、辨證方法、論治精髓等進行了討論，從而大大提高了中醫臨證水平，活躍了醫家辨證論治的思路。
河間學派
因創始人劉完素系河北河間人而命名的學派。劉完素生於宋金對峙時期的北方金國，以闡發火熱病機，善治火熱病證，著《素問玄機原病式》、《宣明論方》、《素問病機氣宜保命集》、《三消論》、《傷寒標本心法類萃》、《保童秘要》等學派開山之作。其學派內又有張從正與朱丹溪等人，不僅繼承了河間之學，又有自己的創新而卓越成家，後人甚至將張從正、朱丹溪與劉完素、李東垣並列，稱金元四大家或四子學派。
以劉完素為代表的河間學派，是以闡發火熱病機為中心內容的一個醫學流派。開始於研究外感病之火熱病機，繼而演變為研究內傷之陰虛火旺病機。它促進了中醫學病機學說的發展，亦為後來溫熱學派奠定了基礎。
劉完素的火熱學說思想，淵源於《素問.熱論》和《素問.至真要大論》病機十九條。火熱論的主要論點是「六氣皆能化火」說。臨床運用則分為表裡二證，火熱在表，則用辛涼、甘寒之法以汗解；火熱在里，則用承氣諸方以下解；表裡俱熱，則用防風通聖散、涼膈散以兩解之。自完素以後，討論火熱病的理法方藥乃自成體系，成為火熱論派。
直接承傳完素之學的有穆大黃、馬宗素、荊山浮屠，浮屠傳之羅知悌，羅知悌傳之朱丹溪，丹溪傳之趙道震、趙以德、虞誠齋、戴元禮、王履、劉叔淵等人，而以朱丹溪最著。私淑完素之學的有張從正、葛雍、鎦洪等，以張從正的影響最大。張從正雖言「風從火化，濕與燥兼」，臨床亦多採用完素所制諸方，但不都強調「兼并同化」。而謂凡非人體所自有以致病者，不論其為火熱與否，概屬邪氣。主張祛邪務盡、攻邪從速，而倡汗吐下三法以攻邪之說。三法亦分表裡，在表汗之，在里或吐或下之，特別是用吐法有得心應手之妙。說明從正師河間而又發展了河間之學，便成為攻邪論者的宗師。
朱丹溪為劉完素的再傳弟子，受到完素火熱論的啟示，發揮為「陽有餘陰不足」之說，變六淫之火邪，為內傷之火熱。所謂「陽有餘」，乃指相火之易於妄動而言，相火妄動，則陰精易傷，是為「陰常不足」，於是提出養陰瀉火之法。使河間之火熱論一變而為滋陰說，這對後世的影響極為深遠。縱觀河間學派，劉完素、張從正、朱丹溪是該派最具代表性的三大家。其火熱論、攻邪論、養陰論三家立說同，各有發明，各盡其妙用，皆足資取法。
易水學派
易水學派肇始於金代，因創始人張元素是河北易縣(金之易州)人而稱其為易水學派。該派以張元素著《潔古珍珠囊》、《醫學啟源》、《潔古家珍》，李東垣著《脾胃論》、《蘭室秘藏》、《內外傷辨惑論》，羅天益著《衛生寶鑒》等為代表。該派傳人及私淑者還有王好古、薛己、李中梓、張璐、趙獻可等名家。易水學派與河間學派之間既有學術爭鳴又互相尊重，成為中國醫學史上的美談。
以張元素為代表的易水學派，以研究臟腑病機及其辨證為中心內容。元素之學，先後傳於李東垣與王好古，李東垣之學傳於羅天益。私淑李東垣的學者，有薛己、張景岳、李中梓諸家。趙獻可又私淑薛己。傳獻可的學者，有高鼓峰、董廢翁、呂晚村諸人。張璐對薛己和張景岳二家之學均有所承受。李中梓之學一傳沈朗仲，再傳馬元儀，三傳尤在涇。易水學派的師承關係，大體如此，而以張元素、李東垣、張景岳、薛己、李中梓、趙獻可六大家最著名。張元素在《靈樞》、《素問》、《中藏經》的臟腑辨證基礎上，結合自己的臨證實踐，以臟腑的寒熱虛實論點來分析疾病的發生與演變，探討臟腑的虛實病機，在當時的諸醫學家中是最有成就的。在制方遣藥方面，又發明性味歸經和引經報使之說，實不愧為一代宗師。李東垣創立「內傷脾胃，百病由生」的論點，以脾胃為元氣之所出，相火為元氣之賊，「火與元氣不兩立，一勝則一負」，因而發明昇陽瀉火和甘溫除熱的用藥法度，後世稱之為補土派的先導者。張景岳理論上屬醫經學派，臨床則信服張元素、李東垣之學，倡「陽非有餘，陰常不足」論，制左歸丸、右歸丸、左歸飲、右歸飲諸名方，而為陰陽兩補之巨匠。薛己為明代一大臨床家，學術思想淵源於張元素、李東垣，同時又遙承王冰、錢乙之說，而重視腎中水火，因而臨床多脾腎並重；李中梓重視先後二天，既酷似東垣，又酷似景岳。趙獻可雖私淑薛己，而對腎命水火說，獨具匠心，提出「兩腎各一寸五分之間」為命門，並對六味丸、八味丸大加闡發，廣泛應用，以腎命概括脾胃，但又與薛己的學術思想略異。王好古師事張元素、李東垣，而於陽虛的三陰證獨有發揮。易水學派還特別留心於精氣虛損一面，尤以脾腎虛損最為突出。其臨證治療，多偏於溫補，故時人稱之為溫補學派。
溫病學派
研究溫病學而演成的學術流派。溫病指起病較急，熱象較盛，傳變較快，容易化燥傷陰的一類外感熱病，包括風溫、溫熱、溫疫、溫毒、春溫、暑溫、伏暑、濕溫、秋燥、溫瘧、伏氣溫病等。溫病的研究是在「諸醫以傷寒法治之不效」的事實，經實踐積累、理論升華而發展起來的。其代表人為葉天士及薛雪、吳鞠通、王孟英等，代表作有《溫熱論》、《濕熱條辨》、《溫病條辨》、《溫熱經緯》等。因溫病範疇也屬於外感熱病，但又與傷寒有所區別，故溫病學派在崛起時就有著學術上的爭論。溫病學家主要研究溫病特有的傳變規律、察舌驗齒等診斷手段和辨證方劑等。但溫病學說的理論還不僅限於治療溫病，對雜病辨治也有一定指導價值，溫病學派把中醫學理論推向了一個新的台階。
金元時期的河間學派在溫病發展史上佔有重要地位。自劉完素倡「熱病只能作熱治，不能從寒醫」之說後，其門人馬宗素《傷寒醫鑒》、鎦洪《傷寒心要》、常德《傷寒正統》都對此大加闡揚，認為治熱之法惟表裡二途，力主寒涼藥物發表攻里的優點，從而形成「寒涼派」。此後，元末明初王履在《傷寒溯洄集》中，亦提到溫病「感天地惡毒之氣」，「溫暑及時行寒疫、溫瘧、風溫、溫毒、溫疫等，決不要以傷寒六經諸病通治」。此時對外感熱病診治通行的說法是：「外感宗仲景，熱病用河間」，表明外感傷寒和溫熱病的治療已逐漸分離。事實上河間學派是溫病學派的先驅。
明代末年，溫熱病流行，諸醫用傷寒治法不效，這一新問題促進溫病學說在理論上取得突破性的進展。吳又可在實踐基礎上，指出當時流行的是溫疫，而非傷寒，按疫施治，大獲奇效。於是他撰成《溫疫論》，提出溫疫是戾氣所感。他對戾氣所入之門(口鼻)、所受之處(客居膜原)及特殊的傳變途徑均有論述。主張溫疫與傷寒應嚴格區分，治法當以疏利(疏達膜原)和分消(祛邪逐穢)為要務，還提出溫病下不厭早，汗不厭遲，總宜顧存津液為原則。這些主張給後世溫病學家以很大的啟發。此後清初的戴天章，以吳又可之源為基礎，詳言溫疫病狀，以分辨氣、色、舌、神、脈等諸方面來區別溫疫與傷寒，其治法則有汗、下、清、和、補五法。清代乾隆年間，瘟疫又複流行，當時余師愚認為溫疫乃運氣之淫熱，內入於胃，敷佈於十二經所致。因此他創製清瘟敗毒飲，重用石膏，瀉諸經表裡之火，對斑疹的辨析亦有說明。這一時期，研究溫病的學者逐漸增多，學者們對溫熱病的病因、症状已有一定的認識，但在其病機理論上尚未能統一，還缺乏更明晰的研究。
清代中葉以後，醫家對溫病的認識進一步提高。其中核心人物有葉天士、薛雪、吳鞠通、王孟英等。臨床大師葉天士提出，新感溫邪，上受犯肺，逆傳心包。又提出肺主氣屬衛，心主血屬營。他把溫邪進入人體的病理過程分為衛、氣、營、血四個階段。提出衛之後方言氣，營之後方言血；邪在衛，可汗解，在氣乃可清氣；初入營分，還須清氣透營，即入血分，方可涼血散血等一系列辨治溫病的見解。他的言論反映在由其弟子整理的《溫熱論》中。衛氣營血的辨證體系從此確立。此外，葉氏在察舌、驗齒、辨斑疹白等方面也有許多卓見。與葉氏同時的薛雪，對溫熱病之一的濕病，在病因、病機、病證、治法等方面亦有專題系統認識，進一步完善了溫病學說。
此後對溫病學說發展做出貢獻的還有吳鞠通、王孟英等。吳鞠通在深研葉天士醫案基礎上，結合自己的心得，寫成《溫病條辨》，為系統論溫熱證治之始。他按溫熱病的傳變情況，自上而下地劃分為上焦、中焦、下焦三個階段，建立了三焦辨證綱領。三焦辨證實質上結合臟腑來討論病位、病勢，揭示了溫病病程中臟腑病機之間的聯繫和影響。他將清絡、清營、育陰三法作為治病的大法，總結出了桑菊飲、銀翹散等一系列與治法相適應的名方，從而確立了溫熱學派包括病因、病機、診斷、治療的理論體系。王孟英對溫熱學派的貢獻主要體現在《溫熱經緯》一書中。此書彙集溫病名家學說最多，以《內經》、《傷寒論》為經，葉天士、薛雪諸家論說為緯，廣徵清代溫病學家之論，附以王氏自家評議，淹貫各家之長，不抱門戶之見，對溫熱學說的總結及普及起了較大的作用。溫病的研究至此則進入了成熟時期。
匯通學派
清末民初主張將中西醫學匯聚溝通的一派醫學家。在此主旨下，有試圖從理論上匯通者；有在臨床上中西藥物綜合使用者；也有主張藉以改進中醫或中醫科學化者，因他們對中西醫為不同理論體系尚缺乏深入了解，致使該派的學說和實踐只展現於一時，沒能流傳下來。但因該派的學者們在一個時期內，致力於興辦學校，創立期刊，意在通過接受新知，取長補短髮展中醫，在當時的歷史情況下，也起到了培養中醫人才和傳播中醫學術的作用。此外，匯通學派還成為其後中西醫結合的先聲。
中西醫匯通思潮是在19世紀中後期西洋醫學大量湧入中國而逐漸形成的。西方列強獲得自由出入中國各通商口岸的特權後興辦了一些醫院、醫學校、藥廠；傳入包括基礎醫學和臨床醫學在內的各種西醫書籍，吸收留學生，派遣傳教醫士來華。兩種醫學體系的思維方法、理論體系和研究方法的迥異，必然給傳統醫學的發展前景帶來影響。由於不同的動機、不同的方法，中西醫匯通派又有著不同的思潮和方法，在匯通的進程上也有不同的深度和廣度。
有一派的思潮認為中醫傳統的體系是一個完善的系統，是優於西醫的體系。但是，他們又不能不承認西醫體系中有些值得學習的內容，而學習這些東西，主要是為了保持住中醫固有的體系，不至於湮沒在西洋醫學浪潮的衝擊之中。這一派的主要代表是唐容川。他雖然也說過「西醫亦有所長，中醫豈無所短」的話，希望「不存疆域之見，但求折衷歸於一是」，但他認為中醫已發展到「氣化」的階段，超越了解剖學的階段。這種匯通是比較初級的，甚至可以說是貌合神離的。
另一種思潮則認為，中西醫這兩種體系各有長短，需要互相學習，互相吸收對方的優點，這樣才能使中醫學繼續發展和提高，達到一個新的階段。也有人認為可以貫通兩者之長，形成一個新的體系。這種思潮在中國近代醫學發展史上佔主導地位，代表人物有朱沛文、惲鐵樵、楊則民和張錫純等人，他們都不同程度地深入學習了西醫的知識。
朱沛文主要從生理解剖學的角度出發，認為兩個體系各有短長，「各有是非，不能偏主，有宜從華者，有宜從洋者。大約中華儒者精於窮理而拙於格物，西洋智士長於格物而短於窮理」。他反對「空談名理」，重視「察臟腑官骸體用」，主張把二者結合起來。但他的匯通還沒有深入到臨床應用階段。
惲鐵樵對西醫作了較深入的學習、研究，從理論上闡明了中西醫匯通的重要意義。他一方面在著作中與全盤否定、消滅中醫的謬論開展論戰，維護中醫的生存權益；另一方面又主張「欲昌明中醫學，自當溝通中西，取長補短」，「吸取西醫之長，與之化合，以產生新中醫」。認為這種中醫是一種「不中不西，亦中亦西」的醫學。代表作有《群經見智錄》、《生理新語》、《脈學發微》等。
張錫純不僅從理論上進行中西醫學匯通的嘗試，更進一步從臨床上，尤其是中藥與西藥的結合方面身體力行，付諸實踐，創製出一些中西藥結合的治療方劑。他的代表作是《醫學衷中參西錄》。楊則民《內經哲學之檢討》則主要從哲學的高度探討中醫理論之提高、中西醫辨證和辨病之互通。
匯通派的理論，形成了近代中醫發展史上一股強勁的、不容忽視的潮流。近代中醫學者大都自覺或不自覺地捲入這股思潮中。
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