正常菌群
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人自出生後，外界的微生物就逐漸進入人體。在正常人體皮膚、粘膜及外界相通的各種腔道（如口腔、鼻咽腔、腸道和泌尿道）等部位，存在著對人體無害的微生物群，包括細菌、真菌、螺旋體、支原體等。它們在與宿主的長期進化過程中，微生物群的內部及其與宿主之間互相依存、互相制約，形成一個能進行物質、能量及基因交流的動態平衡的生態系統習慣稱之為正常菌群（Normal flora）。正常菌群大部分是長期居留於人體的又稱為常居菌，也有少數微生物是暫時寄居的，稱為過路菌。
人體正常菌群的分布
- 皮膚上的細菌 往往與個人衛生及環境情況而有所差異。最常見的是革蘭氏陽性球菌，其中以表皮葡萄球菌為多見，有時亦有金黃色葡萄球菌。當皮膚受損傷時，可引起化膿性感染，如癤、痛。在外陰部與肛門部位，可找到非致病性抗酸性恥垢桿菌。
- 口腔中的細菌，口腔溫度適宜，含有食物殘渣，是微生物生長的良好條件。口腔中的微生物有各種球菌、乳酸桿菌、梭形菌、螺旋體和真菌等。
- 胃腸道的細菌，因部位而不同，胃酸的殺菌作用，健康人的空腸常無菌。若胃功能障礙，如胃酸分泌降低，尤其是胃癌時，往往出現八疊球菌、乳酸桿菌、芽胞桿菌等。成年人的空腸和迴腸上部的細菌很少，甚至無菌，腸道下段細菌逐漸增多。大腸積存有食物殘渣，又有合適酸鹼度，適於細菌繁殖，菌量占糞便的1/3。大腸中微生物的種類繁多，主要有大腸桿菌、脆弱類桿菌、雙歧桿菌、厭氧性球菌等，其他還有乳酸桿菌、葡萄球菌、綠膿桿菌、變形桿菌、真菌等。
- 呼吸道的細菌，鼻腔和咽部經常存在葡萄球菌、類白喉桿菌等。在咽喉及扁桃體粘膜上，主要是甲型鏈球菌和卡他球菌佔優勢，此外還經常存在著潛在致病性微生物如肺炎球菌、流感桿菌、乙型鏈球菌等。正常人支氣管和肺泡是無菌的。
- 泌尿生殖道的細菌，正常情況下，僅在泌尿道外部有細菌存在，如男性生殖器有恥垢桿菌，尿道口有葡萄球菌和革蘭氏陰性球菌及桿菌；女性尿道外部與外陰部菌群相仿，除恥垢桿菌外，還有葡萄球菌、類白喉桿菌和大腸桿菌等。陰道內的細菌隨著內分泌的變化而異。從月經初潮至絕經前一般多見的為陰道桿菌（乳酸桿菌類）；而月經初潮前女孩及絕經期後婦女，陰道內主要細菌有葡萄球菌、類白喉桿菌、大腸桿菌等。
- 機體的多數組織器官是無菌的，若有侵入的細菌未被消滅，則可引起傳染。因而在醫療實踐中，當手術、注射、穿刺、導尿時，應嚴格執行無菌操作，以防細菌感染。
正常菌群的生理作用
- 生物拮抗作用 正常菌群通過粘附和繁殖能形成一層自然菌膜,是一種非特異性的保護膜,可促機體抵抗致病微生物的侵襲及定植,從而對宿主起到一定程度的保護作用。正常菌群除與病原菌爭奪營養物質和空間位置外，還可以通過其代謝產物以及產生抗生素、細菌素等起作用。可以說正常菌群是人體防止外襲菌侵入的生物屏障。
- 刺激免疫應答 正常菌群釋放的內毒素等物質可刺激機體免疫系統保持活躍狀態，是非特異免疫功能的一個不可缺少的組成部分。
- 合成維生素 有些微生物能合成維生素，如核黃素、生物素、葉酸、吡哆醇及維生素K等，供人體吸收利用。
- 降解食物殘渣 腸道中正常菌群可互相配合，降解末被人體消化食物殘渣，便於機體進一步吸收。
條件致病菌和菌群失調
在一定條件下，正常菌群中的細菌也能使人患病：
- 由於機體的防衛功能減弱,引起自身感染。例如皮膚粘膜受傷（特別是大面積燒傷）、身體受涼、過度疲勞、長期消耗性疾病等，可導致正常菌群的自身感染；
- 由於正常菌群寄居部位的改變，發生了定位轉移，也可引起疾病。例如大腸桿菌進入腹腔或泌尿道，可引起腹膜炎、泌尿道感染。因此，這些細菌稱為條件致病菌。
在正常情況下，人體和正常菌群之間以及正常菌群中各細菌之間，保持一定的生態平衡。如果生態平衡失調，以至機體某一部位的正常菌群中各細菌的比例關係發生數量和質量上的變化，稱為菌群失調。
菌群失調的常見誘因主要是使用抗生素、同位素、激素、患有慢性消耗性疾病時腸道、呼吸道、泌尿生殖道的功能失常也是重要原因。去除誘因後一般可使菌群復常，也有長期失調難於逆轉的情況。
臨床上常見的菌群失調症有：
- 耐藥性葡萄球菌繁殖成優勢菌而發生腹瀉，偶爾發生致死性葡萄球菌膿毒血症；
- 變形桿菌和假單胞菌生長旺盛並侵入組織發生腎炎或膀胱炎；
- 白色念珠菌大量繁殖，引起腸道、肛門或陰道感染，也可發展成全身感染；
- 艱難梭菌在結腸內大量繁殖，併產生一種腸毒素及細菌毒素，導致假膜性腸炎。
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