生物化學與分子生物學/蛋白質生物合成過程
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蛋白質生的合成亦稱為翻譯（Translation），即把mRNA分子中鹼基排列順序轉變為蛋折質或多肽鏈中的胺基酸排列順序過程。這也是基因表達的第二步，產生基因產物蛋白質的最後節段。不同的組織細胞具有不同的生理功能，是因為它們表達不同的基因，產生具有特殊功能的蛋白質，參與蛋白質生物合成的成份至少有200種，其主要體第主要由mRNA、tRNA、核糖核蛋白體以及有關的酶和蛋白質因子共同組成。
原核生物與真核生物的蛋白質合成過程中有很多的區別，真核生物此過程更複雜，下面著重介紹原核生物蛋白質合成的過程，並指出真核生物與其不同這處。
蛋白質生物合成可分為五個階段，胺基酸的活化、多肽鏈合成的起始、肽鏈的延長、肽鏈的終止和釋放、蛋白質合成後的加工修飾。
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（一）氨基醯－tRNA的生成
胺基酸在進行合成多肽鏈之前,必須先經過活化,然後再與其特異的tRNA結合,帶到mRNA相應的位置上,這個過程靠氨基醯tRNA合成酶催化,此酶催化特定的胺基酸與特異的tRNA相結合,生成各種氨基醯tRNA.每種胺基酸都靠其特有合成酶催化,使之和相對應的tRNA結合,在氨基醯tRNA合成酶催化下,利用ATP供能,在胺基酸羧基上進行活化,形成氨基醯-AMP,再與氨基醯tRNA合成酶結合形成三聯複合物,此複合物再與特異的tRNA作用,將氨基醯轉移到tRNA的胺基酸臂(即3'-末端CCA-OH)上(圖18-5和圖18-6)。
圖18-6 氨基醯－tRNA的生成
原核細胞中起始胺基酸活化後，還要甲醯化，形成甲醯蛋氨酸tRNA，由N10甲醯四氫葉酸提供甲醯基。而真核細胞沒有此過程。
前面講過運載同一種胺基酸的一組不同tRNA稱為同功tRNA。一組同功tRNA由同一種氨醯基tRNA合成酶催化。氨基醯tRNA合成酶對tRNA和胺基酸兩者具有專一性，它對胺基酸的識別特異性很高，而對tRNA識別的特異性較低。
氨基醯tRNA合成酶是如何選擇正確的胺基酸和tRNA呢？按照一般原理，酶和底物的正確結合是由二者相嵌的幾何形狀所決定的，只有適合的胺基酸和適合的tRNA進入合成酶的相應位點，才能合成正確的氨醯基tRNA。現在已經知道合成酶與L形tRNA的內側面結合，結合點包括接近臂，DHU臂和反密碼子臂（圖18-7）。
圖18-7 氨基醯－tRNA合成酶與tRNA的相互作用，可見氨酸接受柄、
D柄、反密碼子和可變環與酶反應
乍看起來，反密碼子似乎應該與胺基酸的正確負載有關，對於某些tRNA也確實如此，然而對於大多數tRNA來說，情況並非如此，人們早就知道，當某些tRNA上的反密碼子突變後，但它們所攜帶的氨工酸卻沒有改變。1988年，候稚明和Schimmel的實驗證明丙氨酸tRNA酸分子的胺基酸臂上G3：U70這兩個鹼基發生突變時則影響到丙氨醯tRNA合成酶的正確識別，說明G3：U70是丙氨酸tRNA分子決定其本質的主要因素。tRNA分子上決定其攜帶胺基酸的區域叫做副密碼子。一種氨基醯tRNA合成酶可以識別以一組同功tRNA，這說明它們具有共同特徵。例如三種丙氨酸tRNA（tRNAAlm/CUA,tRNAAim/GGC,tRNAAin/UGC都具有G3：U70副密碼子。）但沒有充分的證據說明其它氨基醯tRNA合成酶也識別同功tRNA組中相同的副密碼子。另外副密碼子也沒有固定的位置，也可能並不止一個鹼基對。
（二）多肽鏈合成的起始
核蛋白體大小亞基，mRNA起始tRNA和起始因子共同參與肽鏈合成的起始。
（1）核糖體30S小亞基附著於mRNA起始信號部位：原核生物中每一個mRNA都具有其核糖體結合位點，它是位於AUG上游8-13個核苷酸處的一個短片段叫做SD序列。這段序列正好與30S小亞基中的16s rRNA3』端一部分序列互補，因此SD序列也叫做核糖體結合序列，這種互補就意味著核糖體能選擇mRNA上AUG的正確位置來起始肽鏈的合成，該結合反應由起始因子3（IF-3）介導，另外IF-1促進IF-3與小亞基的結合，故先形成IF3-30S亞基-mRNA三元複合物。
（2）30S前起始複合物的形成：在起始因子2作用下，甲醯蛋氨醯起始tRNA與mRNA分子中的AUG相結合，即密碼子與反密碼子配對，同時IF3從三元複合物中脫落，形成30S前起始複合物，即IF2-3S亞基-mRNA-fMet-tRNAfmet複合物，此步需要GTP和Mg2+參與。
（3）70S起始複合物的形成：50S亞基上述的30S前起始複合物結合，同時IF2脫落，形成70S起始複合物，即30S亞基-mRNA-50S亞基-mRNA-fMet-tRNAfmet複合物。此時fMet-tRNAfmet佔據著50S亞基的肽醯位。而A位則空著有待於對應mRNA中第二個密碼的相應氨基醯tRNA進入，從而進入延長階段，以上過程見圖18-8和圖18-9。
圖18-8 大腸桿菌起始複合物的形成
2、真核細胞蛋白質合成的起始
真核細胞蛋白質合成起始複合物的形成中需要更多的起始因子參與，因此起始過程也更複雜。
（1）需要特異的起始tRNA即，-tRNAfmet，並且不需要N端甲醯化。已發現的真核起始因子有近10種（eukaryote Initiation factor,eIF）
（2）起始複合物形成在mRNA5』端AUG上游的帽子結構，（除某些病毒mRNA外）
（3）ATP水解為ADP供給mRNA結合所需要的能量。真核細胞起始複合物的形成過程是：翻譯起始也是由eIF-3結合在40S小亞基上而促進80S核糖體解離出60S大亞基開始，同時eIF-2在輔eIF-2作用下，與Met-tRNAfmet及GTP結合，再通過eIF-3及eIF-4C的作用，先結合到40S小亞基，然後再與mRNA結合。
mRNA結合到40S小亞基時，除了eIF-3參加外，還需要eIF-1、eIF-4A及eIF-4B並由ATP小解為ADP及Pi來供能，通過帽結合因子與mRNA的帽結合而轉移到小亞基上。但是在mRNA5』端並未發現能與小亞基18SRNA配對的S-D序列。目前認為通過帽結合後，mRNA在小亞基上向下游移動而進行掃描，可使mRNA上的起始密碼AUG在Met-tRNAfmet的反密碼位置固定下來，進行翻譯起始。
圖18-9 Initiationof translation im E.cole.The initiating tRNA,tRNAMetf,is represented by theblue line,the anticodon being the horizontal short line.The fMet-tRNAMetf isdelivered to the 30s subunit by IF2.NNN represents any codon (N for anynucleotie).Note.The ribosome also has an exit site not shown in thediagram.This site will be discussed later.
通過eIF-5的作用，可使結合Met-tRNAfmet.GTP及mRNAR40S小亞基與60S大亞基結合，形成80S複合物。eIF-5具有GTP酶活性，催化GTP水解為GDP及Pi，並有利於其它起始因子從40S小亞基表面脫落，從而有利於40S與60S兩個亞基結合起來，最後經eIF-4D激活而成為具有活性的80SMet-tRNAfmet.mRNA起始複合物。
真核細胞翻譯起始複合物的生成見圖18-10和圖18-11。
圖18-10 真核細胞翻譯起始複合物的形成
圖18-11 Simplified diagram of initiation in eukaryotes.Note that severaleukaryote initiation factors besides elF2 are involved .tRNAMeti,initiatingRNA.e1F2 is the eukaryotic initiation factor corresponding to IF2 inprokaryotes.
（三）多肽鏈的延長：
在多肽鏈上每增加一個胺基酸都需要經過進位，轉肽和移位三個步驟。
（1）為密碼子所特定的胺基酸tRNA結合到核蛋白體的A位，稱為進位。氨基醯tRNA在進位前需要有三種延長因子的作用，即，熱不穩定的EF（Unstable temperature,EF）EF-Tu,熱穩定的EF(stable temperature EF,EF-Ts)以及依賴GTP的轉位因子。EF-Tu首先與GTP結合，然後再與氨基醯tRNA結合成三元複合物，這樣的三元複合物才能進入A位。此時GTP水解成GDP，EF-Tu和GDP與結合在A位上的氨基醯tRNA分離（圖18-12）。
圖18-12 原核生物肽鏈延長因子EFTu與EFTs的作用原理
圖18-13 肽鍵的形成
①核蛋白體「給位」上攜甲醯蛋氨醯 基（或肽醯）的tRNA
②核蛋白體「受體」上新進入的氨基醯tRNA;
③失去甲醯蛋氨醯基（或肽醯）後，即將從核蛋白體脫落的tRNA;
④接受甲醯蛋氨醯基（或肽醯）後已增長一個胺基酸殘基的肽鍵
（2）轉肽--肽鍵的形成（peptide bond formation）
在70S起始複合物形成過程中，核糖核蛋白體的P位上已結合了起始型甲醯蛋氨酸tRNA，當進位後，P位和A位上各結合了一個氨基醯tRNA，兩個胺基酸之間在核糖體轉肽酶作用下，P位上的胺基酸提供α-COOH基，與A位上的胺基酸的α-NH2形成肽鍵，從而使P位上的胺基酸連接到A位胺基酸的氨基上，這就是轉肽。轉肽後，在A位上形成了一個肽醯tRNA（圖18-13）。
（3)移位（Translocation)
圖18-14 Diagram of the elongation process in protein synthesis followinginitation.tRNAs are shown as lue lines;AA,aamicoacyl group.The positioningshown of the EF-Tu-GTP on the tRNA and on the ribosome are arbitraty .Thisdiagram does not make evident why the ribosomal enzyme catalysing the peptidebond synthesis is called peptidyl transferase .However,if you do the next roundof synthesis yourself(see text),you will see that in all subsequent rounds ofsynthesis it is a peptide that is transferred to the incoming aminoacyltRNA-hence the name.
轉肽作用發生後，胺基酸都位於A位，P位上無負荷胺基酸的tRNA就此脫落，核蛋白體沿著mRNA向3』端方向移動一組密碼子，使得原來結合二肽醯tRNA的A位轉變成了P位，而A位空出，可以接受下一個新的氨基醯tRNA進入，移位過程需要EF-2，GTP和Mg2+的參加（圖18-14）。
以後，肽鏈上每增加一個胺基酸殘基，即重複上述進位，轉肽，移位的步驟，直至所需的長度，實驗證明mRNA上的信息閱讀是從5』端向3』端進行，而肽鏈的延伸是從氮基端到羧基端。所以多肽鏈合成的方向是N端到C端（圖18-15）。
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| 圖18-15 The elongation phase of protein synthesis on a ribosome.The three-step cycle shown is repeated over and over during the synthesos of a protein chain.An aminoacyl-tRNA moleculie binds to the A-site on the rebosome is step l,a new peptide bond is formed in sted 2,and the ribosome moves a distance of three nucleotides along the mRNA chain in step 3,ejecting an old tRNA molecule and "resetting" the ribosome so that the next aminoacyl-tRNA molecule can bind.As indicated in Figure 6-21,the p-site is drawn on the left side of the ribosome,with the A-site on the right. |
圖18-16 The final phase of protein synthesis .The binding of release factor to a stop codon terminates translation.The completed polypeptide is released,and the ribosome dissociates into two separte subunits.（四）翻譯的終止及多肽鏈的釋放：
無論原核生物還是真核生物都有三種終止密碼子UAG，UAA和UGA。沒有一個tRNA能夠與終止密碼子作用，而是靠特殊的蛋白質因子促成終止作用。這類蛋白質因子叫做釋放因子，原核生物有三種釋放因子：RF1，RF2t RF3。RF1識別UAA和UAG，RF2識別UAA和UGA。RF3的作用還不明確。真核生物中只有一種釋放因子eRF，它可以識別三種終止密碼子。
不管原核生物還是真核生物，釋放因子都作用於A位點，使轉肽酶活性變為水介酶活性，將肽鏈從結合在核糖體上的tRNA的CCA末凋上水介下來，然後mRNA與核糖體分離，最後一個tRNA脫落，核糖體在IF-3作用下，解離出大、小亞基。解離後的大小亞基又重新參加新的肽鏈的合成，循環往複，所以多肽鏈在核糖體上的合成過程又稱核糖體循環（ribosome cycle）（圖18-16）。
（五）多核糖體循環：
上述只是單個核糖體的翻譯過程，事實上在細胞內一條mRNA鏈上結合著多個核糖體，甚至可多到幾百個。蛋白質開始合成時，第一個核糖體在mRNA的起始部位結合，引入第一個蛋氨酸，然後核糖體向mRNA的3』端移動一定距離後，第二個核糖體又在mRNA的起始部位結合，現向前移動一定的距離後，在起始部位又結合第三個核糖體，依次下去，直至終止。兩個核糖體之間有一定的長度間隔，每個核糖體都獨立完成一條多肽鏈的合成，所以這種多核糖體可以在一條mRNA鏈上同時合成多條相同的多肽鏈，這就大大提高了翻譯的效率（圖18-17）。
圖18-17 A polyribosome.Schematicdrawing showing how a series of ribosomes can simultaneously translate the samemRNA molecule.
多聚核糖體的核糖體個數，與模板mRNA的長度有關，例如血紅蛋白的多肽鏈mNRA編碼區有450個核苷酸組成，長約150nm。上面串連有5-6個核糖核蛋白體形成多核糖體。而肌凝蛋白的重鏈mRNA由5400個核苷酸組成，它由60多個核糖體構成多核糖體完成多肽鏈的合成。
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