病原體的檢查、培養和分離
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病原體的檢查、培養和分離(examination，culture and isolation of pathogen)，傳染病由各種病原體引起，在病人體內及其排泄物中找到病原體，對傳染病的診斷及治療具有重要意義。特別是早期診斷意義更大，因為在病程早期，病人體內的病原體多，檢測的陽性率高，病程後期，人體產生免疫力，病原體被消滅，檢測的陽性率降低。但要注意標本來源不同，病原體陽性的診斷意義也不同。如從發熱病人血中培養出傷寒桿菌，即可確診傷寒；而從其糞便中培養出傷寒桿菌就不可能百分之百地肯定為傷寒，因為傷寒桿菌的攜帶者也可由其他疾病而引起發熱。此外，病原體檢測對指導治療也非常重要，可以根據檢測結果選用適當的藥物治療，尤其是培養陽性者，藥物敏感試驗可指導醫生選用有效藥物。檢測病原體的方法包括直接檢查、培養和分離。
直接檢查
簡單易行、快速、準確。可將標本製成塗片，染色（或不染色）後，直接在顯微鏡下檢查病原體。但只有在病原體較大時才能用普通光學顯微鏡查到，如病毒太小，普通顯微鏡看不到，不能用這種檢查方法。有些病原體即使在普通顯微鏡下能見到，但單純從形態上很難與其他微生物相鑒別，必須用特殊染色方法，如白喉桿菌與類白喉桿菌只有用特殊染色（龐德氏染色等）才能區別。引起猩紅熱的乙型溶血性鏈球菌在形態上無法與其他鏈球菌鑒別，而又無特殊染色，因此不能用直接檢查法進行檢查。免疫熒光檢查就是一種特殊染色法，原理是將特異性抗體標記熒光素，塗片上若有相應的病原體，帶熒光素的特異性抗體就與之結合，在熒光顯微鏡下便可以看到發黃綠色熒光的病原體。應用免疫染色法檢查糞便中的痢疾桿菌，可將其與大腸桿菌鑒別，這也是一種直接檢查法。
培養和分離
雖較直接檢查法為慢，且較為複雜，但更準確，應用範圍也更廣，幾乎可用於所有的病原體。一般除病毒、衣原體和立克次氏體外，都可用無生命的培養基培養和分離。培養基的種類很多，可根據不同的病原體加以選用。培養分離病原體後，還可進行各種試驗，如發酵試驗、毒力試驗等，這對病原體的進一步鑒定非常重要。病毒、衣原體和立克次氏體缺乏維持生命所必須的各種酶，不能像細菌那樣從培養基中攝取營養物質，利用自己的酶來合成自己所需的各種成分，不能用無生命的培養基培養，而必須接種到有生命的機體內，利用機體的酶來合成它們所需的各種成分。這種方法稱「病毒分離」、「衣原體分離」或「立克次氏體分離」。分離的方法一般有三種：①組織培養。最簡單常用；②動物胚胎（如雞胚、鴨胚）接種；③動物接種，如接種小白鼠、豚鼠等。不同的病毒、衣原體或立克次氏體常需要不同的分離方法，分離陽性後也常需進行各種試驗（如血清學試驗等）才能最後判定其種類。病原體的直接檢查常與病原體的培養分離同時進行。
除上述兩種方法外，還有一些特殊的檢查方法。例如對懷疑為狂犬病的人或動物可取其腦組織檢查特異性包涵體（內格芮氏小體）確診；檢查B型肝炎表面抗原可用反向被動血凝法(RPHA)、酶聯免疫吸附試驗(ELISA)及放射免疫試驗(RIA)等方法;檢查糞便中的A型肝炎病毒可用免疫電鏡等。還可應用分子雜交或核酸分析的方法來檢驗病人血液、組織或排泄物中的病原體核酸以協助診斷，如血液中及肝組織中的B型肝炎病毒核酸，就可用分子雜交的方法檢測；糞便中的輪狀病毒可用核酸分析的方法來檢測等。由於病原體的各種抗原和病原體的核酸都是病原體的特異性成分，因此如果它們出現陽性也就表示病原體陽性，故這些方法也具有很大的確定診斷的意義。
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