微陣列
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DNA微陣列（DNA microarray）又稱DNA陣列或DNA晶片，比較常用的名字是基因晶片（gene chip）。是一塊帶有DNA微陣列（microarray）的特殊玻璃片或矽晶片片，在數平方公分之面積上布放數千或數萬個核酸探針；檢體中的DNA、cDNA、RNA等與探針結合後，藉由萤光或電流等方式偵測。經由一次測驗，即可提供大量基因序列相關資訊。它是基因組學和遺傳學研究的工具。研究人員應用基因晶片就可以在同一時間定量的分析大量（成千上萬個）的基因表現，具有快速、精確、低成本之生物分析檢驗能力。
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生產方式
基因晶片的製作方式基本可分為以下幾型：
Stanford型
由美國史丹福大學開發的cDNA array的製作方法，將預先合成好的核酸探針布放於玻片載體上。 優點：設計較長的探針長度可增加專一性。 缺點：晶片密度較光罩法低，並須有良好的保存設計。
這種方法又可分為點製法與印製法。
點製法是小規模生產或實驗室自製的低密度晶片，以機械手臂上帶有毛細作用的細微刻痕的鋼針，將核酸探針溶液點放於玻片或聚酯纖維膜上。成本低廉，適合探針數少或製造需求量不大的狀況。
印製法是從噴墨印表機的方式變化而來，用加熱氣泡的方式將核酸探針印於玻片上。使用製作良好的噴頭可同時實現高密度、長探針的基因晶片；例如PhalanxJet。
原位合成法
原位合成（in situ synthesised），是原來用於電子晶片製作的光刻法（Photolithography），轉為核酸序列的合成技術。利用光罩控制反應位置，將核苷酸分子依序列一個一個接上去；可大量生產超高密度的晶片。由於製程與光罩成本等因素，這種方法做出的探針長度約在25-mer以下；因此同一個基因需要多個探針對應，以避免誤判。主要生產廠有 Affymetrix、Roche NimbleGen等。
微珠布放法
Illumina公司有其獨特的微珠陣列，將核酸探針製作於微小顆粒上，再將其布放於特製玻片。
qPCR array
在96孔或384孔標準PCR盤或384孔微流體盤中，預先合成好即時PCR引子與探針，將檢體注入後以定量PCR方式進行反應與偵測分析。分析量比傳統晶片少，屬於低密度陣列，但兼具準確定量與定性；並且設備與技術門檻低，一般分子生物實驗室即可自行操作。 新的中密度qPCr array：OpenArray是Applied Biosystems（應用生命系統公司，隸屬於Life Technologies集團）產品，在玻片大小的疏水性基板中分為數十個矩陣區域；矩陣內為親水性表面的微孔，有一組預先合成好的引子與探針。現有的規格是每片玻片有12*4（48）個矩陣區域，每個區域為8*8（64）孔。預計2012年有新的12K晶片與專用機台上市。
原理
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種類
已商業化的晶片
DNA微陣列（DNA-microarray）:檢測樣本的genomic DNA，作為基因型別鑒定之檢測。
cDNA微陣列（cDNA-microarray）:或稱expression array，將樣本中的mRNA轉為cDNA後進行檢測，作為基因表現程度之檢測與比較。
miRNA微陣列（miRNA-microarray）:檢測miRNA相關的基因調控機制。
ChIP-chip :chromatin immunoprecipitation on chip
高通量核酸定序晶片：合併特殊PCR反應及微陣列偵測技術轉作為基因定序之用。
臨床檢測微管晶片：將低密度微陣列附於特製檢驗管底部，用以檢測特定病原或癌症指標的試劑組。
CGH晶片：染色體晶片（array Comparative Genomic Hybridization，aCGH或稱Chromosomal Microarray Analysis，CMA）
SNP晶片：可檢測基因多型性（Polymorphisms）。
基因甲基化晶片:檢測DNA被甲基化修飾程度。
近商業化或開發中的晶片
電子定序晶片：結合奈米電機與電子學做為快速高通量核酸定序用的晶片。
微流體學（microfluidics）之臨床診斷用晶片。
參考文獻
參見
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參考來源
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