醫學免疫學/近代免疫學時期
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由於在免疫學發展的早期形成了牢固的抗感染免疫的概念，以及模板學說的影響，使人們對機體免疫性的認識存在片面性，也使免疫學的進一步發展受到束縛。把機體免疫反應性視為單純的化學過程，還是生物學過程？機體免疫反應是對外源抗原的特有反應，還是機體對「自己」與「非己」識別的普遍生物學現象？這是從認識免疫現象開始就存在著的分歧。由於近代免疫生物學的進展和細胞系選擇學說的提出，才使這些問題獲得比較正確的解答。同時對生物機體的免疫反應性也有了比較全面的認識，這一時期自20世紀中至60年代有下述一些主要發現。
1．細胞轉移遲髮型超敏性的成功Koch在發現結核桿菌之後，企圖用結核桿菌給患者皮下再感染以期達到免疫治療的目的，結果相反，卻引起局部組織壞死，稱之為Koch現象。這一現象具有特異性但與抗體產生無關。直到Chase 等人(1942)對Koch現象進行了深入研究，證明用致敏豚鼠血清轉移給正常動物不能引起結核菌素反應，而用細胞轉移則能引起陽性反應。首先證明了結核菌素反應不是由抗體引起，而是由致敏細胞引起，從而證明了機體免疫性除能產生體液免疫外還能形成細胞免疫。
2. 免疫耐受現象的發現Owen(1945)發現自異卵雙生的二頭小牛個體內有二種血型紅細胞共存，稱之為血型細胞鑲嵌現象。這種不同血型細胞，在彼此體內互不引起免疫反應，把這種現象稱之為天然耐受。這是一個重要的發現，同時也提出一個耐人深思的問題。為什麼在胚胎期接受異種抗原刺激，不引起免疫反應而形成免疫耐受現象？Burnet從生物學角度提出了一種假說說明這個現象。他認為宿主淋巴細胞有識別「自己」與「非己」的能力。如在機體免疫功能成熟之前引入異物，可作為「自己」成分加以識別，故在成體後對該異物即不引起免疫反應。其後Billingham和Medawar等人（1953）在小鼠體內成功地進行了人工誘導耐受實驗，給予Burnet學說以有力支持。自此經典免疫學的觀點受到嚴重挑戰，人們開始注意研究免疫生物學問題了。使免疫學的發展進入了一個的時期，即免疫生物學時期。
3．抗體生成克隆（或細胞系）選擇學說的提出 澳大利亞免疫學家Burnet以生物學及分子遺傳學的發展為基礎，在Ehrlich側鏈學說和Jerne等天然抗體選擇學說的影響下，以及人工耐受誘導成功的啟發下，於1958年提出了關於抗體生成的克隆選擇學說。這一學說的基本觀點是把機體的免疫現象建立在生物學的基礎上，他的基本觀點如下：①認為機體內存在有識別多種抗原的細胞系，在其細胞表面有識別抗原的受體；②抗原進入體內後，選擇相應受體的免疫細胞使之活化、增殖最後成為抗體產生細胞及免疫記憶細胞；③胎生期免疫細胞與自己抗原相接觸則可被破壞，排除或處於抑制狀態，因之成體動物失去對「自己」抗原的反應性，形成天然自身耐受狀態，此種被排除或受抑制的細胞系稱為禁忌細胞系；④免疫細胞系可突變產生與自己抗原發生反應的細胞系因之可形成自身免疫反應。
此學說不僅闡明了抗體產生機制，同時對許多重要免疫生物學現象都做了解答。如對抗原的識別、免疫記憶的形成、自身耐受的建立以及自身免疫的發生等現象。此學說已被免疫學者所接受，促進了現代免疫學的發展。
4．免疫學技術的發展 在此期間改進了血清學技術，建立了間接血凝反應，以及免疫標記技術等，大大促進了免疫學基礎理論研究和臨床應用。
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