超基因
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操縱子是細菌中與同一種生化功能有關的幾個基因(如控制色氨酸合成的有關基因)在基因組內聚成一簇而緊密連鎖，並受一個基因調控。操縱子只在細菌中發現。在真核生物基因組內很少發現，真核生物的結構基因一般是單獨調控的，但真核生物中也有稱為超基因的結構。超基因(super gene)是指作用於一種性狀或作用於一系列相關性狀的幾個緊密連鎖的基因。
人類基因組的超基因如血紅蛋白基因簇，位於16號染色體，跨度約30 kb，由編碼血紅蛋白的類。—珠蛋白(o—likeglobin)的基因聚集成簇。位於2號染色體上跨度約60 kb給血紅蛋白的類盧—珠蛋白(盧—like globin)編碼的基因也聚集成簇。在個體發育的不同時期，基因簇中的不同基因進行表達。詳細情況將在第六章發育遺傳學中闡述。在類。—珠蛋白基因簇中有3個假基因ψζ、ψα和ψα，類β-珠蛋白基因簇中也有一個假基因ψβ。
基因家族
一個祖先基因經過重複(duplication)和變異而產生的一組基因，組成了一個基因家族(genefamily)。基因家族中的各個成員可以聚集成簇也可以分散在不同染色體上，或者兩種情況兼而有之。結構基因家族中各個成員通常具有相關的甚至相同的功能。
一個共同的祖先基因通過各種各樣的變異，產生了結構大致相同但功能卻不盡相似的一大批基因。這一大批基因分屬於不同的基因家族，但可以總稱為一個基因超家族(superfamily)。
基因簇
功能相同或相關的許多基因聚集成簇，就形成一個基因簇。基因簇可以是由基因重複而產生的兩個相鄰的相關基因，也可以是由許多個甚至上百個相同的基因首尾銜接的串聯排列，如rRNA基因和組蛋白基因。基因簇中也可以有假基因。在成簇的基因家族中通過染色體重排而分散到其他位置上的成員，被稱為孤獨基因(orphan gene)。
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