微觀進化
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微觀進化指幾代種群中基因頻率小範圍的變化（群體遺傳學是生物學的一個分枝，它為微觀進化過程的研究提供數學結構）。
宏觀進化研究如下一些問題：
為什麼主要的動物群突然出現在化石紀錄中（通常所說的寒武紀生命大爆炸）？
相似地，為什麼在化石紀錄中存在丟失的環節，為什麼過渡物種缺乏化石？
為什麼沒有新的主要的生物群長時間的出現在化石紀錄中？
為什麼進化明顯地突然出現，並且許多物種長期停滯，幾乎沒有進化？
什麼導致物種形成？
進化是否事實
當前科學界一個爭論的課題是，進化論是否一個已被證明的科學事實。因為一百二十年來的新發現中，支持進化論假設的證據甚少，而與之矛盾的卻極多。進化論的維護者高特（Gould）有一篇著名文章〈進化是事實與理論〉，論證進化為事實，不只是理論。本文特此分析一下其論辯的理據如何。
高特定義事實是「世上的資料」，理論是「意志的結構」，認為蘋果掉下地是事實，牛頓或愛因斯坦的解釋是理論。這定義並不錯，但他卻類比的認為「人從類人猿的祖先進化出來，也是事實。」
這類比被學者批判為虛妄的推論。蘋果掉下地，確是可直接觀察到的資料，但「人由類人猿進化出來」不是同樣的資料。後者從來沒有直接觀察到。唯一可觀察的，是人與猿在身體的一些地方相似，但這相似並不構成人是由類人猿為祖先的證據。如果我們見到兩間相似的屋，不能因相似就證明其間有進化關係。
從微觀進化至宏觀進化的論證
高特又提出三個證據，一是「微觀進化」的事實。這點本是常識，人人都同意，但不能因同種生物有微觀進化，就可推出不同生物之間有「宏觀進化」。對進化論的爭論，是針對宏觀進化，將之混淆微觀進化，是瞞天過海。
微觀進化（micro─evolution）指同一種類生物在適應環境時，能轉化其形態，而產生新品種。這種進化有證據支持，故沒有人反對，連最保守的創造論者也不會反對。但宏觀進化（macro-evolution）則是一理論，認為生物可從一些種類進化為另一種類，所有生物均來自原初單細胞生物，而後不斷進化和分化，產生較高等的動植物。這理論假設無生命可產生生命，及生物可由一類進化為另一類，從來就沒有一個可觀察或實驗證實的證據。
很不幸地，近期發現所謂寒武紀大爆炸（Cambrianexplosion）。在五億三千萬年前地層上，有複雜的動物化石突然同時在海中出現。它們之前無任何進化跡象，高特也承認是「謎中之謎」（enigmaofallenigmas），因而要提出全新的大躍進觀念去解釋進化。然而高特的標衡論（punctuatedequilibria）不能通過實驗證明，在1978年及1981年兩個嘗試都不能支持其說，芝加哥大學的Schopf有詳細報告，結論是標衡論已被質疑。
自然不完美的論證
高特說老鼠、蝙蝠、海豚和人的肢體，均由同樣骨骼構成，因是從同一遠祖遺傳而來。這所謂「證據」確令人摸不著頭腦。「生物的骨骼相似」，如何推出「生物有同一祖先」來？兩命題之間並無任何邏輯關係。同一祖先的假設，可以是骨骼相似的充分條件，但不是其必要條件。下雨可以地濕，不等於地濕來自下雨。高特連初級邏輯規律也過不了。
高特又花很多篇章去討論生物的不完美性，推論其不可能由設計而來。他對科學設計的理論並不熟悉，只是根據生物不來自類似人類科學的設計，就證明進化是事實。這是混淆邏輯上的假然推理，為一種偽證。
化石證據與進化矛盾
高特的第三個證據是所謂化石證據。這偏偏正是對進化論最不利的證據。除了寒武紀的化石突然大批出現，對漸進進化論是致命的反證外，而已經是很少數量的「中間生物」化石，亦紛紛被質疑是否真的為不同種生物的連結環。
達爾文是具謙卑科學精神的科學家。他在《物種原始》一書中，論到化石證據，其標題是「不完滿的地質記錄」。對於進化中各生物由一種變為另一種的過程，認為必須有「中間連結」的生物。但他承認在當時地質學上沒有證據顯示有這些中間連結生物。他指出「這可能是最明確而又厲害反對進化論的理由。」然而當時進化論者相信將來可找到這些化石。
經過一百二十年後，人類搜集了數以萬噸計的化石，但並無支持進化的化石證據。主持芝加哥FieldMuseumofNaturalHistory的Raup指出，該博物館搜集了已知化石物種的五分，但結論是比達爾文時代更缺少進化的中間生物例子。Raup也是進化論者，但不得不放棄適者生存之說，而改用幸運者生存之說。
過去有關中間生物的證據，如一種被稱為甲狀蟲（onychophorans）的化石，原被認為是節肢動物（arthropod）與環節蟲（annelid）之間的連結環。但在寒武紀發現，甲狀蟲與其祖先節肢動物三葉蟲（trilobitas）卻同時存在，故只能假設為各有不同的祖先，而失中間連結環地位。
進化論者喜歡拿來作為中間生物的證據，如始祖鳥，其被判定為擁有爬蟲特徵，如爪及牙齒，在如今的飛鳥中也被找到，如南美洲的opisthoorgnshoatzin及非洲的touracocorythaix。一些科學家已認為這是一種飛鳥，而不能視為鳥與爬蟲之間的生物。事實上Jensen在1977年的ScienceNews上，已指出在始祖鳥同一岩石上發現飛鳥股骨的化石。又1991年10月中國報導，在遼寧出土的飛鳥化石，年代亦與始祖鳥差不多相同，1995年10月號ScienceNews亦有報導。那麼始祖鳥與鳥是同時代的生物，於是即失去其「始祖」的中間連結環地位。
此外，被認為界於人與猿之間的遠古中間生物，如拉瑪臘猿（Ramapithecus），其特徵在牙齒結構近人類，沒有猩猩的大門齒和犬齒，但嘴型又較人的長窄，被認為具有猩猩與人的特徵，故是一種中間生物。但問題是具有這些特徵並不能邏輯地推論出是猿和人的中間生物，除非先假設了進化論去解釋。但這就只是一種循環論證，而不成為進化的證據。如今一種名為Theropithecusglada的狒狒，具有拉瑪臘猿的同樣牙齒和面孔特徵，卻不外是一種狒狒，並非中間生物。
至於被認為是人類始祖的類人猿，南方古猿（Australopithecus），因其腦容量較年幼猩猩大，又無年長猩猩的骨脊，且牙齒結構較像人，因而被判斷為半人半猿的中間連結環。但當大量南方古猿化石出土時，卻在Olduvai峽谷找到同一地層的直立猿人，理應是較後的進化生物，竟與其祖先同時出現。
更奇的，是1972年在肯亞北挖出一頭顱碎骨，稱為KNM-ER-1470，比直立猿人進步，是人屬（GenusHomo），但卻在二百九十萬年前，比其祖先直立猿人早二百萬年，與更遠祖先南方古猿同時，於是南方古猿即失其祖先地位。
十九世紀末在加州Table Mountain發現一頭骨，在地下一百八十尺的岩漿層以下，屬九百萬到五千萬年前的地層。其後又發現一人的顎骨，同樣久遠，比任何所謂人類祖先更早幾百萬到幾千萬年。那些類人猿始祖地位又如何能建立？
由於以上種種證據的被抵消，進化論到目前為止，仍未能提出任何可靠證據能自稱為事實。一百多年來，反證多於證據，進化論仍只是一理論假設。人類與生物何以在宇宙中出現，對人的智慧來說，始終是一個玄之又玄的奧秘。
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