反轉錄轉座子(retrotransposon或retroposon)指通過RNA為中介，反轉錄成DNA後進行轉座的可動元件。這樣的轉座過程稱為反轉座作用(retrotrans—position)。反轉座作用出現在真核生物，包括能自由地感染宿主細胞的反轉錄病毒，以及通過以RNA為中介進行轉座的DNA序列。除反轉錄病毒外，反轉錄轉座子可以分成兩類：一類是病毒超家族(viral superfamily)，這類反轉錄轉座子編碼反轉錄酶或整合酶(integrases)，能自主地進行轉錄，其轉座的機制同反轉錄病毒相似，但不能像反轉錄病毒那樣以獨立感染的方式進行傳播；另一類是非病毒超家族(nonviral superfamily)，自身沒有轉座酶或整合酶的編碼能力，而在細胞內已有的酶系統作用下進行轉座。病毒超家族同非病毒超家族都來源於細胞內的轉錄物，兩者的明顯區別在於病毒超家族成員的DNA分子兩端有長末端重複序列(10ng terminal repeats，LTR)，這是反轉錄病毒DNA基因組的特徵性結構，非病毒超家族的成員沒有LTR結構。同時，病毒超家族成員都能編碼產生轉座酶或整合酶，或者二者兼而有之，所以能自主地進行轉座。非病毒超家族成員不產生有生物學活性的酶，因此不能進行自主轉座。但所有反轉錄轉座子都有一個共同的特點，即在其插入位點上產生短的正向重複序列。
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