同功器官（analogous organ）指在功能上相同，有時形狀也相似，但其來源與基本結構均不同。例如蝶冀與鳥冀均為飛翔器官，但蝶冀是膜狀結構，由皮膚擴展形成，而鳥冀是脊椎動物前肢形成，內有骨骼外有羽毛。又如魚腮與陸棲脊椎動物的肺，均為呼吸器官，但魚腮腮絲來自外胚層，而肺來自內胚層。
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