毛囊炎治療主要原則是採用殺滅病菌，抑制病菌再生的方法，以減少複發，達到根治的目的。
毛囊炎目前使用的治療方法中有藥物治療、物理治療和飲食調理等。專業的皮膚科醫生常常會根據患者病情有針對性的使用，對一些毛囊損害部位嚴重者採取光學療法治療；由於毛囊炎還常常因為維生素缺乏，營養素缺乏所導致，治療過程中醫生還會配合一些補充營養的藥物和食物配方，以達到最佳治療目的。
毛囊炎患者在治療過程中，一些特殊部位的患者還應特別注意避免濕、熱、出汗等問題，日常注重活動，以增強及提高個人體質。