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初細菌	異常球菌-棲熱菌門 (異常球菌目, 棲熱菌目) · 綠彎菌門 (厭氧繩菌目, 暖繩菌目, 綠彎菌目, 爬管菌目, 纖線桿菌目, 熱絲孢菌目, 熱微菌目, 球形桿菌目)

其他滑行菌	熱脫硫桿菌門 · 嗜熱細菌 (產水菌門 · 熱袍菌門) · 藍菌門

α-變形菌綱	柄桿菌目 · 基爾菌目 · 韓海研所菌目 · 短小盒菌目 · 根瘤菌目 · 紅桿菌目 · 紅螺菌目 · 立克次氏體目 · 史尼斯氏菌目 · 鞘脂單胞菌目

β-變形菌綱	伯克氏菌目 · 嗜氫菌目 · 嗜甲基菌目 · 奈瑟菌目 · 亞硝化單胞菌目 · 普羅卡桿菌目 · 紅環菌目

γ-變形菌綱	酸硫桿狀菌目 · 氣單胞菌目 · 交替單胞菌目 · 心桿菌目 · 著色菌目 · 腸桿菌目 · 軍團菌目 · 甲基球菌目 · 海洋螺菌目 · 巴斯德氏菌目 · 假單胞菌目 · 鹹水球形菌目 · 硫發菌目 · 弧菌目 · 黃色單胞菌目

δ-變形菌綱	蛭弧菌目 · 脫硫盒菌目 · 脫硫桿菌目 · 脫硫弧菌目 · 硫還原菌目 · 除硫單胞菌目 · 黏球菌目 · 互營桿菌目

ε-變形菌綱	彎麴菌目 · 鸚鵡螺菌目

螺旋體門	螺旋體綱

鞘脂桿菌超門 (FCB組)	纖維桿菌門 · 綠菌門(綠菌目, 慢桿菌目) · 擬桿菌門 (擬桿菌目, 碳酸噬胞菌目, 黃桿菌目, 鞘脂桿菌目)

浮黴菌超門/ (PVC組)	衣原體門 · 黏膠球形菌門 (黏膠球形菌目, 食物谷菌目) · 浮黴菌門 (藻球菌目, 浮霉狀菌目) · 疣微菌門 (紫紅球菌目, 豐佑菌目, 土壤桿菌目, 疣微菌目)

其他革蘭氏陰性菌	酸桿菌門 · 裝甲菌門(裝甲菌綱 · 土壤胞菌綱) · 嗜熱絲菌門 · 產金菌門 · 脫鐵杆菌門 · 網團菌門 · 迷蹤菌門 · 梭桿菌門 · 芽單胞菌門 · 硝化螺旋菌門 · 互養菌門